Конечно, во время правления Арагорна отношение к хоббитам сохранялось очень хорошее, но, насколько можно судить, после его смерти в 120 г. ЧЭ. былое уважение могло постепенно исчезнуть. В Прологе говорится также, что хоббиты в ЧЭ и позднее ещё дополнительно измельчали по сравнению с хоббитами Т.Э.
Дело тут уже не в количестве детей - в хорошее время, когда земля плодородна и внешней угрозы вовсе нет - а в том, что, скорее всего, рано или поздно люди забыли бы о неприкосновенности хоббитов. Как-то так.