Судя по тому, что сказано в Сильме, орки - это мутировавшие эльфы.
Строго говоря, там сказано, что так считали эльфы.
Согласен.
Но так же строго говоря, весь Сильм — это сборник того, что и как считали эльфы.

Их повадки полны дикости, но они явно не лишены определённой логики поведения.
Стайное поведение животных очень логично.
Ну так и животных нельзя назвать совершенно неразумными и безвольными созданиями. Животные обладают определённым разумом и определённой волей. Кроме этого, орки обладают вполне развитой речью, что всё таки несколько отличает их от животных.
Предполагать, что это Саурон так ловко кукловодит, тоже не приходится - кишка у него тонка для такого глобального кукловодства.
А как же слова о том, что орки разбежались, как будто их какая-то воля держала, а затем отпустила?..
Воля может держать, но не полностью кукловодить. Простейший пример — обычный человеческий рабочий коллектив.

Думается мне, что орки вполне разумны. Да, их разум сильно ограничен по сравнению с эльфийским, но это таки разум.
Роботы и обезьяны разумны?
Однако пора разобраться с определением разума.

Или же существование души у орков так же под вопросом? 
Не просто "также" - это тот же самый вопрос.
Согласен.

Итак, если мы предполагаем, что эльфы не наврали, и орки — это действительно потомки эльфов, то они одушевлены и разумны.
Если орки - не эльфы, то кто?
Согласно Сильму, Мелкор не имел власти создавать что-то оригинальное,
Неживые роботы ("созданы из земли": ранняя версия, отвергнутая в целом - такие орки перестали бы двигаться после ухода Моргота); люди (не сходится по временным рамкам), животные, падшие майар (такие орки точно существовали), можно предположить существование детей падших майар и животных...
Твёрдо сказано, что "животным оркам" души Эру бы не дал. Я по причинам, неоднократно повторенным в этой теме, придерживаюсь животной версии.
Вот гномы там совсем ни при чём.
Люди — да, по времени не попадают.
И гномы тут тоже скорее всего ни при чём.
«Животным оркам души Эру бы не дал»... А что, у животных в Эа нет души? Об этом где-то конкретно говорится? Если даже деревья вели себя вполне одушевлённо, то есть ли основание сомневаться в наличии души у животных? Или тут какая-то двусмысленность в терминах?
Мне кажется, что животная версия может подходить для происхождения троллей и прочих аналогичных созданий. Но вот орки как-то не совсем вписываются в эту схему.
Кроме того, по какой причине эльфы считали, что орки — это именно бывшие эльфы?