Тролли неразумны, орки неразумны с вероятностью 50%, насчёт остальных верно.
Вычистить зло до конца означало бы а) уничтожить Средиземье б) и даже в случае более аккуратных методов это означало бы диктатуру Валар над людьми, чего Эру, видимо, не желал.
Почитайте, что говорит Гэндальф о том, как он правил бы с Кольцом. Манвэ-диктатор был бы ещё хуже — будучи на два порядка сильнее, это как минимум.