Полагаю, проблема в непонимании различия создания (строительства из имеющихся материалов) и творения (разработки, проектирования идеологии), материального и духовного планов.
Формы материи материи Арды были созданы (=построены) валар(-ами) (возможно, также их помощниками майар). Это касается и текущей внутренней конструкции Эа в целом. Сама по себе Эа, Бесформенная Вселенная, Сущий мир, была сотворены Эру Илуватаром, и все возможности внутри сотворены Эру Илуватаром. Варианты этих возможностей, изменение уже существующей материи было доступно валар равно как и всем прочим разумным существам внутри Эа.
Это попросту означает, что тела первых эльфов и первых людей точно так же созданы валар - так же как первых гномов создал вала Аулэ, а великих орлов создали Манвэ и Йаванна.
Отсюда следуют и драконы.
Наполнение тел душами/духами- от Илуватара. Души привязаны к телам, духи не привязаны, вот вся разница. При этом духи Эа привязаны к Эа договором с Эру, а вот души людей - нет. Что в точности происходит с душами людей, уходят ли они обратно к Эру из Эа и сливаются с ним, навсегда теряя индивидуальность (= память о прошлых жизнях), или сохраняя её, Толкин не договаривает. С одной стороны, Турин Турамбар должен сохранить индивидуальность и заново обрести тело чтобы сразить мечом Мелькора-моргота, с другой стороны это может быть иносказательностью.
цитата "for the Children of Iluvatar were conceived by him alone; and they came with the third theme, and were not in the theme which Iluvatar propounded at the beginning, and none of the Ainur had part in their making" из Сильмариллиона неверно понимается по той причине, что ее продолжение "Now the Children of Iluvatar are Elves and Men, the Firstborn and the Followers" - вовсе не конец списка. Дети Илуватара - это и гномы, они такие же эрухини. И все остальные одушевленные, разумные существа в Арде.
Conceived = задуманный. Эру Илуватар один умеет создавать души и духов, он задумал одушевленных существ. Но кто создал оболочки для них, как и прочие формы для всего сущего в Арде?
У меня ответ один: это строители Арды, валар.