(Небольшая ремарка насчет "Эру разобрался")
Физически Эру в сотворенном им мире (Арде) не присутствует. Сам Он никогда не входил в Эа и не спускался в Арду, в пределах эльфийских преданий, дошедших до нас чере JRRT. Для эманации Бога нужен некий "аватар", кто-то воплощенный, чтобы не нарушая Богом же созданных физических законов мироустройства, совершить то или иное деяние. В нашем мире посланники Бога, Эру Илуватара, называются "архангелы" и "ангелы", в мире Арды - "валар" и "майар". Манвэ, первый из посланников Бога, имел некую трансцендентную "связь" с Эру. Через Манвэ, и возможно, Мандоса, Эру влиял на судьбы Арды.
Поэтому, imho, окончательный ответ о уничтоживших Нуменор исполнителях воли Эру, может быть получен 1) от Кристофера Толкина (см. "Акаллабет"), 2) от Саймона Толкина или других третьих-четвертых рук 3) логически, аппроксимацией логики JRRT. Последний способ, увы, самый ненадежный, хотя и самый многообещающий, выбираю его, тем не менее.
Т.о., "Вмешался Эру Илуватар и утопил остров с людьми" означает, что Манвэ решил, что Бог призывает его, и поведал Ульмо волю Эру, imho