Ну, я понимаю это так:
Проснувшийся Сэм, как все, должно быть, помнят, увидел Голлума возле Фродо и, не поняв, что происходит, достаточно грубо отогнал его от хозяина. На тот момент он думал только о безопасности Фродо и тонкостями, вроде выражения лица Смеагорла и интонаций его голоса, не заморачивался. Тем не менее постфактум он вполне мог понять, как все обстояло на самом деле.